当センターは、自然災害、大事故災害、感染症流行、静かに迫る社会基盤脆弱化など、様々な危機事象に対し人々の健康を守る「ヘルスセキュリティ」の研究開発、人材育成、社会づくりを行う。
ヘルスセキュリティの領域横断的な課題解決のために、国への概算要求を経て2024年4月に設立され、体制・活動の強化を進めている。

　健康危機管理の研究・人材育成・実践領域は、世界を見渡しても発展途上にありその重要性を増している。 　当センターは、健康危機管理に関連するこれまでの個々の取組を礎として学内・学外で連携・協働し新たな進化を創出する。 　即ち、当センターを基盤として公衆衛生学･医学、防災学、法政策研究、社会科学、生命科学等の様々な領域が自在に共同･融合し課題解決にあたる。そして、健康危機管理において、日本･世界の有力機関との人事交流･協働を行い、アカデミアと実践との両面のネットワークを強化し、世界的な研究拠点、人材育成拠点、実践拠点となる。

【協働のスキーム】
　国立健康危機管理研究機構（国立感染症研究所と国立国際医療研究センターが2025年4月より統合）､国立保健医療科学院､国立病院機構災害医療センター、厚労省DMAT事務局(Headquarters)、国際協力機構JICA、 基幹災害拠点病院、都道府県庁･保健所･自治体、厚労省等省庁、ＷＨＯ(世界保健機構)、ＵＮＤＲＲ(国連防災機構)等国際機関、世界の有力大学等(予定を含む)と、人材交流や共同の研究･人材育成･活動を緊密なものとしていく。

• • 様々な危機から人々の健康を守るために、関連領域融合してエビデンス・理論・しくみを生み、高度専門人材を育成し、 効果的な施策･戦略の実装へとつなげ、危機への対応力、復興力、準備力の強化に貢献する。
  • 健康危機に関する課題解決のために、当センターが、領域を超えて全学の知と技術が集うプラットフォームとなり､ 医学研究科･医学部附属病院、防災研究所、法学研究科、経済研究所、人と社会の未来研究院、医生物学研究所、ほか関係部局の協働を推進する
  • 国内外の政策・実践の有力機関と人事交流・協働を強化し、人材育成と研究開発･実践のネットワークのハブ機能を高め、 健康危機発生時の緊急対応、避難生活支援、支援者支援、復興の推進、備え・事前計画の強化、 社会のレジリエンスの強化というサイクルに一貫して取り組む。